Défense de mémoire de Monsieur Aquilain Barvaux
Reverse engineering of the CoLoMoTo software
Date : 30/08/2022 10:00 - 30/08/2022 12:00
Lieu : Salle académique - Faculté d'informatique
Orateur(s) : A. Barvaux
Organisateur(s) : Benjamine Lurquin
Abstract :
This
document provides a retro-engineering of CoLoMoTo. The
retro-engineering is motivated by a state of the art on system biology.
This study showed that system biology has challenges due to the numerous
models used to describe biological entities and due to the
computational approach of system biology. From this statement, it was
observed that the CoLoMoTo consortium proposed a solution called
CoLoMoTo to address those challenges. However, this solution doesn’t
support yet all system biology models. It was then decided to do a retro
engineering of CoLoMoTo to understand : how we can add more system
biology tools in CoLoMoTo?
Résumé :
Ce
document fournit une rétro-ingénierie de CoLoMoTo. La rétro-ingénierie
est motivée par un état de l'art sur la biologie des systèmes. Cette
étude a montré que la biologie des systèmes présente des défis en raison
des nombreux modèles utilisés pour décrire les entités biologiques et à
cause de l'approche informatique de la biologie des systèmes. À partir
de cette démonstration, il a été observé que le consortium CoLoMoTo a
proposé une solution appelée CoLoMoTo pour relever ces défis. Cependant,
cette solution ne prend pas encore en charge tous les modèles de la
biologie du système. Il a alors été décidé de faire une rétro-ingénierie
de CoLoMoTo pour comprendre : comment est-il possible d’ajouter plus
d'outils de biologie systémique dans CoLoMoTo ?
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