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Séminaire Life Science - CYTOMINE

CYTOMINE: une plateforme opensource pour l'analyse collaborative et semi-automatique d'images bio-médicales... Bientôt à l'UNamur ?

Catégorie : conférence/cours/séminaire (spécialisé)
Date : 03/03/2016 12:45 - 03/03/2016 13:45
Lieu : UNamur, auditoire B07
Orateur(s) : Grégoire Vincke, techno-pédagogue et développeur Web
Organisateur(s) : Prof. Patsy Renard
CYTOMINE est, d'après nos propres recherches, la première application web open-source dédiée à l'analyse collaborative de méga-images bio-médicales. Par méga-images, on entend des images dont la taille peut aller de plusieurs mégas à plusieurs gigas octets.

Elle permet non seulement d'explorer ces méga-images à distance, dans un interface réactif, mais également d'y annoter sémantiquement des structures et des régions d'intérêt, d'analyser leur contenu, et de détecter semi-automatiquement  des structures similaires en utilisant des algorithmes de machine-learning. CYTOMINE est ainsi un outil précieux dans une stratégie de recherche, d'enseignement ou de diagnostic dès lors que la notion d'annotation collaborative et/ou semi-automatique est importante.

CYTOMINE a été développée dans l'optique d'un usage en recherche bio-médicale (cytologie, histologie, anatomo-pathologie principalement), mais peut être utilisée dans n'importe quel domaine à partir du moment où cela concerne des images numériques.

CYTOMINE est développée à l'Université de Liège, où elle est utilisée depuis plusieurs années dans des études sur le cancer, le développement embryonnaire, et la toxicologie (voir la liste des publications et le dernier article de référence paru dans la revue BioInformatics en janvier 2016).

CYTOMINE est maintenant adaptée au contexte pédagogique, pour soutenir la numérisation progressive des travaux pratiques en histologie et anatomo-pathologie. L'Université de Namur, et plus précisément le département de Biologie (UMDB et URBC), collabore à cette évolution techno-pédagogique.

Après 5 ans de développement, CYTOMINE est maintenant totalement open-source (GitHub). Elle peut être installée en local sur un ordinateur portable pour un usage individuel, ou sur des serveurs plus conséquents pour un usage institutionnel. Plus d'infos.

Comme nous envisageons son implémentation à l'UNamur, ce séminaire est l'occasion de vous présenter cette nouvelle ressource potentielle, et d'identifier les chercheurs potentiellement intéressés par celle-ci.

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